南京医药股份有限公司始建于1951年，是经南京市人民政府秘办(51)第674号批复及华东军政委 员会卫生部卫药字第555号批示成立，性质为公营企业，又名南京市公营医药公司，行政隶属于南京市卫生局。1952年更名为南京市国营医药公司。1995 年，省、市医药公司分家，成立国内医药公司南京支公司。1958年，与药材公司合并，称“南京市医药公司”。1981年，集团公司同时使用“江苏省南京医药供应采购站”和“南京市医药公司”名称。 　　1988年，集团公司成为江苏省医药商业行业首家利税超千万元企业。1993年，集团公司利税和销售收入居江苏省医药商业系统第一名，经南京市资信评级委员会评定，集团公司的资信级位为AAA级，同年被南京市 体改委批准为股份制试点企业。集团公司已成为我国医药商业大型骨干企业，经营药品、医疗器械、化学试剂和玻璃仪器四大类商品两万多个品种，与国内400多个医药站及港、澳、日、美、欧洲客商保持着良好 的购销关系。集团公司自成立以来具有连续42年盈利服务绩，是我国华东地区重要的医药采购供应中心。 　　1994年，集团公司以其主要的经营性资产与原国内人民建设银行江苏省信托投资公司、南京市国有资产经营公司、南京天宇医疗器械总公司共同作为发起人，采用定向募集方式成立该公司。同年，实现利润2047.37万元，较上年递增77.06%，居江苏省医药同类型企业的**，国家医药局系统同类型企业综合效益第四位。 1994年10月，出资295万元收购了南京溧水县制药厂(现更名为南京恒生制药厂)，1995年开始对其进行技术改造。1995年底试生产 ，1996年形成生产规模。 994年4月投资100万元购置专用设备建立实验室，组建了专门从事新产品研究开发的高科技企业--南京生命能科技开发公司，使之成为科研基地。